Новости

Учёные из Германии, Америки и России предложили алгоритм для эффективного автоматического поиска генов, говорится в пресс-релизе МФТИ, разосланном 13 января.

"Разработка соединяет в себе преимущества наиболее продвинутых инструментов для работы с геномными данными", - отмечается в пресс-релизе. Алгоритм BRAKER1, предложенный учеными, определяет, какие области в ДНК являются генами, а какие - нет.

Для этого он определяет наиболее вероятное разбиение генома на кодирующие и некодирующие области. Разработанную программу скачало уже более 1500 различных центров и лабораторий. Тестирование алгоритма показывает его существенно более высокую точность по сравнению с другими алгоритмами.

Примерный хронометраж BRAKER1 на одном процессоре составляет приблизительно 17,5 часов для обучения и предсказания генов на геноме длиной 120 миллионов пар оснований. В дальнейшем время работы алгоритма может быть уменьшено за счёт использования параллельных процессоров.

Определение генов - участков молекулы ДНК, по которым синтезируются РНК и белки - является одной из главных задач биоинформатики. Дело в том, что для многих исследований нужна информация не обо всей ДНК (длина которой составляет 2 метра для одной человеческой клетки), а только об этих информативных фрагментах ДНК.

В будущем с помощью этих данных медики смогут диагностировать в том числе болезни сердца, диабет и рак. Статья учёных опубликована в журнале Bioinformatics.